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【Coll. 1108】刘海燕教授: 数据驱动的蛋白质序列、结构和功能设计
时间:2018-11-06  浏览:47次

报告时间:2018118日周四上午10:00-11:00

报告地点:中国人民大学环境楼三层研讨室(316室)


报告人:刘海燕教授(中国科学技术大学生命科学学院


报告题目:数据驱动的蛋白质序列、结构和功能设计

报告摘要:蛋白质设计即根据对蛋白质结构和功能的预设要求来确定多肽链的氨基酸序列。近年来,我们致力于建立通用的、数据驱动的方法,以大量已知蛋白质序列结构数据为基础进行蛋白质设计。此前,针对给定主链结构设计氨基酸序列的问题,我们建立了ABACUSA Backbone Based Amino Acid Usage Survey)统计能量模型;实验表明,对多个不同折叠类型的目标主链结构,用ABACUS设计的氨基酸序列能稳定地折叠成预期结构。最近,针对人工设计主链结构问题,我们建立了SCUBASide Chain Unspecialized Backbone Arrangement)统计能量模型。基于SCUBA,我们可以在序列待定的情况下,用分子模拟对主链构象进行完全柔性的采样和优化;目前我们已经对从两方面对SCUBA能量进行了理论和计算验证:天然蛋白的主链结构在该能量模型下是稳定的,以及对人工搭建的初始主链结构进行模拟煺火优化后的结果能够真实再现天然蛋白质中的主链结构。SCUBAABACUS组成了从头设计有稳定结构蛋白质的工具。与此同时,我们正在发展小分子结合口袋等功能区域的设计方法,并取得了一些初步理论结果。


专家简介:刘海燕,中国科学技术大学生命科学学院教授,博士生导师,主要研究方向为蛋白质设计及其在合成生物学中的应用、蛋白质结构功能的计算生物学与生物信息学。1990年毕业于中国科学技术大学,获生物学学士学位。1996年获中国科学技术大学生化与分子生物学博士学位,获郭沫若奖。1993-1995年作为联合培养研究生在瑞士苏黎世高工物理化学实验室学习;1998年至2000年美国杜克大学化学系及美国北卡罗林纳大学教堂山分校生物化学与生物物理系博士后。2001起任职于中国科学技术大学生命科学学院。刘海燕教授在生物分子计算机模拟与设计方法和酶催化模拟领域发表研究论文六十余篇。2000年入选中国科学院“引进国外杰出人才”项目。2001年获“国家杰出青年基金”资助。2004年获安徽省青年科技奖。